济宁医学院学生会是在学校党委领导和学校团委指导下的学生自治组织，是我校党组织联系学生的桥梁和纽带。坚决服从党的领导和维护学生利益是学生会工作的基本原则。
学生会的主要任务是：围绕党的中心任务，贯彻党的教育方针，结合我校的办学方向和专业特点，着力提升服务大局水平，着力深化改革创新，积极开展主题教育、学习竞赛、文化体育、科技创新、社会实践、志愿服务和社团交流等活动，努力为青年学生的素质拓展、全面成才提供服务。
学生会由学生代表大会选举产生，每年进行一次换届调整。学生会包括六个职能部门（组织部、宣传部、权益部、社联部、技术支持部、综合活动部），下辖16个二级学院学生会分会。
学生会坚持“全心全意为同学服务”的宗旨，忠实代表全校同学的利益，听取同学的呼声，收集同学的意见、建议和要求，及时向学校有关部门反映，帮助同学解决学习、工作和生活等方面的实际问题，充分发挥了学生会应尽的责任和义务。
多年来，济宁医学院学生会不断发挥学生组织的优势，积极参与学校管理，努力提高服务意识和服务水平，为建设良好的学风、校园和创建文明校园发挥了应有的作用。
近年来，学生会组织或参与山东省第二十三届运动会、山东省第九届残运会、庆祝新中国成立70周年、庆祝建党100周年等大型活动的志愿服务工作，产生了广泛而深远的影响。