济宁医学院共青团现有书记1名，副书记2名，下设组织部、宣传部、社团管理中心。是济宁医学院先进青年的群众组织，是学校党委和上级共青团组织联系青年学生的纽带和桥梁，是党的得力助手和后备军。
济宁医学院各级团组织是协助学校党委做好青年学生思想政治工作的一支重要力量，在推进青年学生思想引领、繁荣校园文化、服务青年学生创新创业、促进青年学生成长成才等方面发挥着极为重要的作用。
济宁医学院各级团组织的主要任务是组织开展以理想信念教育为核心的主题教育活动，以培养青年学生的创新精神和实践技能为重点的科技创新活动，以加强青年学生的人文素质和科学精神为导向的校园文化活动，以提高青年学生的社会责任感和社会适应能力为目的的社会实践活动等。
多年来，济宁医学院各级团组织充分发挥团组织的育人职能，紧紧围绕学校党委和行政的中心工作，以思想引领为重点，以高层次校园文化活动为依托，充分发挥学生会、学生社团等学生组织的作用，为创建优良的校风、学风，为培养有理想、有本领、有担当的新时代大学生做出了不懈努力。
今天，济宁医学院各级团组织正以崭新的精神面貌和高涨的工作热情，团结带领全校广大团员青年积极进取、奋发成才，为把我校建设成为特色鲜明、国内知名的应用型现代医科大学创造新业绩、做出新贡献！